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JSNP®検索機能の使用方法

1. 検索機能の概要

JSNP検索機能では、遺伝子名やアクセッション番号によるキーワード、あるいは染色体のバンド名などを検索条件として入力することで、条件に該当する多型（SNP）の一覧、及び各多型のより詳細な情報を閲覧する事ができます。また、遺伝子略名、薬物代謝酵素、RefSeq Contig(ヒトゲノム塩基)配列と多型探索時に得たゲノム配列との比較により得られる（配列比較由来）多型の一覧表からの検索、表示を行うこともできます。

主な機能は以下の通りです。

機能	説明
統合マップ検索	RefSeq Contig配列に対するアノテーションをグラフィカルに表示する機能、アノテーションに対する検索機能を備えたユーザインターフェイス
遺伝子検索	ある遺伝子とそれに関連する複数の多型を、遺伝子単位で検索・表示する機能を備えたユーザインターフェイス
SNP検索	多型そのものの情報（多型の種類、アレル頻度の有無など）や多型に関連する遺伝子の各種アノテーションに対する検索・表示する機能を備えたユーザインターフェイス
薬物代謝酵素一覧 (SNPs in DME)	理化学研究所遺伝子多型研究センター遺伝子多型タイピング研究・支援チームによる薬物代謝酵素遺伝子領域の多型の一覧インターフェース
配列比較由来多型一覧	RefSeq Contig配列と実験取得コンセンサス配列との比較から見出だされた多型の一覧インターフェース
BLAT Genome	ｍRNAやDNA配列を検索式とし質問すると、ヒトゲノム上にマッピングされ、その結果を質問配列とヒトゲノム配列のアライメントとして表示したり、JSNPの統合マップ上に質問配列をマッピングし、表示させることができます。

JSNP検索機能の入口

JSNPデータベーストップページの左側にある「JSNP検索ガイド」リンクをクリックするとJSNP検索画面に移行します。
各検索画面に直接アクセスする場合は、「JSNP検索」ボックス内にある各リンクをクリックしてください。

タグSNP検索は、JSNPデータベーストップページの上部にある検索ボックスから検索できます。
また、右側の「Genotype頻度データ」ボックス内にある「タグSNP検索」リンクをクリックすると、タグSNP検索画面に移行します。 (タグSNP検索例　参照)

JSNP検索画面

(クリックで拡大表示)

JSNP検索機能の各画面

JSNP検索画面は、JSNPデータベーストップページの上部メニュー、または左側にある「JSNP検索」ボックス内のリンクからアクセスすることができます。
また、「JSNP検索ガイド」リンクをクリックすると、各検索機能の概要一覧に移行します。

場所	機能
統合マップブラウズ画面	統合マップ検索
遺伝子検索画面	遺伝子検索
SNP検索画面	SNP検索
SNPs in DME画面または各種リスト画面	薬物代謝酵素一覧からの検索 "SNPs in the genes encoding drug-metabolizing enzymes and drug transporters"
各種リスト画面	配列比較由来多型一覧からの検索 "Show List of the different sequence found by aligning the screened sequence to the NCBI contig build 35.1(08/2004)"
各種リスト画面	Interleukin-18由来多型一覧からの検索 "Interleukin-18 gene polymorphisms derived from TWMU"

JSNP検索画面の全体像

(クリックで拡大表示)

遺伝子単位の検索