JSNP®データベース XMLファイルの利用ガイド

マッピング情報に基づくJSNP®データベースのXMLファイル

    NCBIのRefSeqプロジェクトのゲノム配列にマッピングして得られる各種情報のXMLファイルです。
    ただし、マッピングできなかった多型情報は含みません。
    染色体別にファイルは分割されています。
    NCBIのRefSeqプロジェクトのゲノム配列のアセンブリ更新（build更新）により、多型の注釈付けは変化する場合があります。
    JSNP_mapping.dtdは、XMLファイルのデータ構造と内容を提供しています。
    Statistics of Mapping Informationは、NCBIのRefSeqプロジェクトのゲノム配列にマッピングして得られるデータの各種統計情報です。
    NCBIのRefSeqプロジェクトのゲノム配列のアセンブリ更新ごとに、更新されます。

SNP探索時の情報に基づくJSNP®データベースのXMLファイル

    遺伝子領域に注目してSNP探索した時点で発生した各種情報のXMLファイルです。
    SNPを見つける際の利用した情報より得られた染色体別にファイルは分割されています。染色体が不明なものは、UNKNOWNファイルに収録されています。
    多型の注釈付けは、マッピングにより得られる注釈付けと異なる場合があります。
    JSNP-Screened_Snp.dtdは、XMLファイルのデータ構造と内容を提供しています。
    fasta形式のファイルは、SNP探索時の注釈付けを含み、FTP Serverで提供しています。

SNP探索時のプライマー設計に用いたPCR領域に関するJSNP®データベースのXMLファイル

SNP探索時の実験条件や方法に関するJSNP®データベースのXMLファイル

    SNPを見つける際に利用した実験条件や方法に関する情報のXMLファイルです。
    JSNP-Exp_method.dtdは、XMLファイルのデータ構造や内容を提供しています。