JSNP®検索ガイド

統合マップ（Integrated　Maps）ブラウザーおよび検索

統合マップは、染色体別にSNPと遺伝子、マーカーなど各種情報を詳細マップ上を表示することができます。 検索は染色体の区別なく、統合マップ右上の検索ボックスから行うことができます。 遺伝子シンボル、RefSeqアクセッション番号、マーカー名、マーカーアクセッション番号、モチーフに関する情報で検索できます。JSNP®およびdbSNPとモチーフの関係やアミノ酸置換を表示できます。
遺伝子カルボニックアンヒドラーゼ６(CA6)の出力例 統合マップ / モチーフおよびアミノ酸置換画面

遺伝子検索

遺伝子検索では、その遺伝子関連の多彩な情報とその遺伝子領域にマップされるJSNP®多型の一覧表を得ることができます。
遺伝子カルボニックアンヒドラーゼ６(CA6)の 検索例 と 検索出力例

SNP検索

SNP検索では、多型（SNPやindel）に付与された各種情報を検索することができます。

各種リスト

ヒトゲノム配列にJSNP®をマッピングした結果、JSNP®が存在する遺伝子一覧や、理化学研究所遺伝子多型研究センター遺伝子多型タイピング研究・支援チームによる薬物代謝酵素遺伝子領域のSNP一覧など各種一覧リストを用意しています。

BLAT Genome

ｍRNAやDNA配列を検索式とし質問すると、ヒトゲノム上にマップされ、その結果を質問配列とヒトゲノム配列のアライメントとして表示したり、JSNP®の統合マップ上に質問配列をマップし、表示させることができます。
遺伝子カルボニックアンヒドラーゼ６(CA6)の検索結果 マップ出力例 と ペアワイズアライメント出力例

Dump JSNP®

'Dump JSNP®' は、SNPや遺伝子の特徴から絞込みをすることができ、結果を必要なデータを選択し、各種データ形式でダウンロードすることができます。
JSNPs are narrowed down by filters, and dumped.
Genes are narrowed down by filters, and dumped with JSNPs around the genes.